Esta temporada está basada en el arco del Circo del Arca de Noé del manga original que abarca del tomo 6 al 8. La trama se centra a finales del siglo XIX en Londres, donde ha llegado el Circo del Arca de Noé el cual deja deslumbrados a los habitantes, pues los actos que presenta parecieran ser pura magia. Este circo tiene maravillados a todos, pero lo cierto es que a pesar de lo espectacular que pueden ser sus shows y la nueva vida que le ha traído a la ciudad, varios niños están desapareciendo lo cual no pareciera ser una mera coincidencia por lo que la Reina manda en una misión especial a Ciel y Sebastian, pues les ordena que investiguen todo lo que pasa dentro de este circo ya que podría tener gran relación con las desapariciones. Ciel y Sebastian se hacen pasar por miembros del circo para así infiltrarse por lo que ambos se embarcan en una misión peligrosa, pues requieren descubrir la verdad tras este espectacular show.
