La historia de Fairy Tail comienza con una batalla masiva contra un villano llamado Hades que casi elimina a los héroes antes de transportarlos siete años hacia el futuro. Regresan a casa y descubren que su gremio, que alguna vez fue el más fuerte y respetado de la ciudad de Magnolia, se ha reducido a una nota al pie de página en su ausencia. Los héroes deben inmediatamente restaurar la reputación del gremio sea su máxima prioridad. Hacerlo requiere ayudar a las personas necesitadas, aceptar trabajos de combate de la bolsa de trabajo y mejorar gradualmente su cuartel general. En el camino, también atienden asuntos personales, desde reclamar un viejo apartamento con alquiler hace siete años debido a la pérdida de un padre que murió mientras los héroes estaban fuera. El combate se basa en turnos, lo que permite a los jugadores tomarse su tiempo para elegir qué hacer. Los ataques tienen diferentes rangos y afinidades elementales, y eventualmente pueden encadenarse con resultados espectaculares, como la destrucción de barreras dentro del entorno, lo que abre caminos a nuevas áreas y tesoros. A medida que avanza el juego, se introducen nuevos sistemas y habilidades a medida que cada uno de los héroes principales sube de nivel y desarrolla relaciones con otros personajes.
