Sydney descubre un documento importante que está clasificado, pero que tiene que ver con ella, pues este documento revela cómo ella ha formado parte como sujeto 'activo' del proyecto S.A.B 47 desde el 17 de abril de 1975 y con toda la información que descubre, se da cuenta que la CIA había estado tras su mamá y su propio padre fue el encargado para matarla. Ella continuará confundida respecto a quién debe confiar, con quien puede acercarse, quiénes son sus enemigos, etc. Sydney también se vuelve parte de la rama secreta llamada APO, la cual pertenece a la CIA, y tendrá como compañeros a su padre Jack, Dixon, Vaughn, Marshall, Weiss y Nadia Santos, su hermana. Este grupo deberá evitar que más peligros se cuelen a la nación e ir tras los enemigos, sólo que Sydney también deberá descubrir desde la razí una conspiración que lleva décadas sembrándose y pronto podría explotar, y terminar con el mundo como se conoce.
