Han transcurrido dos años de la muerte de Sydney, aunque en realidad ella no ha muerto y logró escapar con vida de aquel incendio. Los demás creen que ya no se encuentra más en este mundo, pero ésta era la única forma de que Sydney pudiera sobrevivir, tenía que fingir su muerte tras todo lo que ocurrió. En esos dos años, la vida ha cambiado para muchos, pues por un lado su padre se encuentra encarcelado, Vaugh se ha casado con la agente de seguridad nacional Lauren Reed, Sloane se ha entregado a la CIA, pero de igual manera fue perdonado y ahora está a cargo de una organización humanitaria. Realmente el mundo ha cambiado bastante desde la última vez que ella estaba al frente, pero tras recuperarse y sanar, Sydney está lista para volver a la CIA y ahora irá tras un grupo terrorista llamado El Pacto, el cual parece estar muy al tanto sobre ella.
