Durante sus años universitarios, la joven Sydney Bristow es reclutada para formar parte de una organización llamada SD-6, la cual es una rama que pertenece supuestamente a la CIA. En este lugar ella logra convertirse en una de las mejores agentes, sólo que todo cambia cuando le revela a su prometido lo que realmente hace, pues siente que no puede ocultarle más el secreto. Aunque tras revelarle que es espía, unos hombres misteriosos y armados asesinan a su novio, por lo que Sydney se da cuenta que SD-6 en realidad es una organización criminal que roba inteligencia y armamento de la CIA y el propio gobierno estadounidense, por lo que todo este tiempo había estado trabajando para el enemigo. De algún modo Sydney logra ofrecer sus servicios como doble agente para la CIA, así que desde aquel momento se dedica a desestabilizar al SD-6 e intentar erradicarlo aunque ya han pasado siete años y el progreso no ha sido atento. Poco a poco Sydney irá descubriendo y develando varios secretos que también competen a su familia y por lo mismo no sabrá qué hacer.
