Sydney y Michael sufren un accidente, pero Sydney logra recuperar la consciencia y escapar antes de ser llevadas por personas desconocidas que se hacen pasar por policías, sólo que Vaughn no corre con la misma suerte. Como puede, Sydney logra llegar a Los Ángeles y comienza a investigar quiénes son las personas que se llevaron a Vaughn y a la vez descubre los secretos de éste y que forma parte de una antigua organización de estudiosos de Rambaldi, la cual se llama Profeta Cinco. Debido a las últimas investigaciones que Sydney junto a Sloane y Elena habían hecho sobre la obra de Rambaldi, es que hay más personas intentando descifrar todo lo creado por este hombre de ciencia y al Vaughn ser un conocedor, por lo mismo es capturado. Sydney terminará por seguirle la pista a todas las personas implicadas con los trabajos de Rambaldi y lo que buscan con éstos mismos, además finalmente terminará por desenterrar los secretos de su pasado y se dará cuenta de cómo desde el día uno ha sido alguien muy importante.
