La quinta temporada presenta al futuro personaje principal Jonas Quinn, interpretado por Corin Nemec entre 2002 y 2004. La quinta temporada trata sobre la guerra en curso con el Imperio Goa'uld después de la muerte de Apophis al comienzo de la temporada y el surgimiento de un nuevo Señor del Sistema llamado Anubis. El SG-1, un equipo científico-militar, se dispone a explorar la Vía Láctea.