La tercera temporada sigue al SG-1 en su lucha contra los Señores del Sistema del Imperio Goa'uld, siendo el principal Sokar hasta "The Devil You Know" y luego Apophis, después de que recuperó el poder durante ese episodio. La temporada presenta al enemigo invisible y sin nombre de los Asgard, los Replicadores, que son máquinas autorreplicantes que buscan convertir a todas las civilizaciones en más de sí mismas, lo que representa una amenaza terrible para todos los demás seres. Los Replicadores se mencionan por primera vez, pero no se nombran, en el episodio de la tercera temporada "Fair Game".