Después de divorciarse de Lex, Lana decide fundar la Fundación de Isis para intentar ayudar a los infectados por los meteoritos. Poco después, comienza una relación con Clark. Chloe descubre una manera de usar el poder misterioso de la kryptonita para curar enfermedades. Lex Luthor comienza a asechar a Kara. Clark es clonado y solo uno de los dos podrá sobrevivir.
20 episodios
Transmitida en WB
Transmitida desde: 27 de septiembre de 2007
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Clark Kent se enfrenta a Bizarro, el último fantasma de la Zona Fantasma, y la lucha hace que la presa se rompa, lo que desata un torrente de agua.
Clark y Luisa descubren una nave espacial de Kara, la misteriosa joven que salvó a Lex. Sin Lana, Clark no tiene motivos para estar en Villa Chica, por lo que va a la Fortaleza de la Soledad para iniciar su entrenamiento.
Clark le dice a Kara que pase desapercibida, pero ella se inscribe en un concurso de belleza y conoce a la competencia. Tyler ve a Kara utilizar sus poderes, por lo que las chicas pretenden ser sus amigas para usarla para su plan.
Chloe descubre que el Dr. Curtis Knox trata a personas infectadas por meteoritos y elimina sus habilidades. En tanto, Kara convence a Jimmy de que la ayude a localizar su cristal y, tras descubrir su paradero, desafía la orden de Clark de quedarse en la granja. Y Lana vigila a Lex en secreto.
Warrior Angel, una película basada en un cómic, comienza a rodarse en Villa Chica. Sin embargo, la actriz principal, Rachel Davenport, maneja un auto desenfrenado con los frenos cortados y Clark debe detenerlo.
Kara viaja a Washington para buscar el cristal, pero es capturada y sedada con suero de la verdad infundido con kriptonita. Revive un viaje previo a la Tierra cuando siguió a la madre biológica de Clark a la granja de los Kent.
Durante una tormenta de relámpagos, Lana absorbe las habilidades de Clark. Con estos nuevos poderes, abre la caja fuerte de Lex y roba evidencia incriminatoria.
Tras escuchar la voz de su madre biológica, Lara, pidiendo ayuda desde el cristal de Kara, Clark libera a Lara. Ella le da un anillo de kriptonita azul. Pero cuando Clark se lo coloca, se da cuenta de que Zor-El lo engañó, ya que la kriptonita azul le quita los poderes.
Clark le dice a Lana que Kara se fue y que deben unirse contra Lex; ella le da información, incluido un informe de Adrian, un hombre infectado con una sustancia extraterrestre.
Clark está congelado en la Fortaleza y Bizarro se apropia de su vida con Lana. Sin saber que está con Bizarro, Lana disfruta de este nuevo Clark y comparte información de un asesino serial que extrae los minerales de sus víctimas.
Chloe trabaja en secreto para Oliver e intercepta uno de los archivos del proyecto de Lex, pero la ataca Canario Negro, una mujer misteriosa con un clamor subsónico.
Luisa sigue a Lex a Detroit y descubre que encontró a Kara, que tiene amnesia. Sin embargo, Finley, un ayudante de camarero obsesionado con Kara, teme que Lex la lleve lejos, así que le dispara a Lex y mantiene cautivos a Kara y Luisa.
Kara y Jimmy van a un concierto de ONE REPUBLIC, y resulta que uno de los encargados del equipo es un antiguo residente de Villa Chica, Pete Ross. Pete mastica involuntariamente chicle con kriptonita y recibe superpoderes.
Lionel hace que secuestren a Clark y lo mantengan en una celda de kriptonita en una instalación de LuthorCorp. Después de que Chloe y Lana encuentran una sonda eléctrica militar en la granja, se enfrentan a Lionel, quien hace que sospechen de Lex.
Kara decide enseñarle a Clark a volar para aumentar sus posibilidades contra Brainiac, pero Brainiac parece llevarle la ventaja a los superprimos. Además, algunos de los seres queridos de Clark quedan atrapados en el fuego cruzado.
El secreto de Veritas conduce a Lex en una dirección peligrosa que pone a Clark y Lex uno frente al otro. Hay una gran lucha de poder y un personaje muere.
Clark busca a Kara y Brainiac para revertir la situación de Lana. Jimmy ayuda al Departamento de Seguridad Nacional a arrestar a Chloe.
Los mensajes del pasado indican que Brainiac quiere matar al bebé Kal-El, lo que haría que Clark no existiera en el presente. Clark ve cómo sería la vida si él nunca hubiera venido a Villa Chica.
Un extraño con capa que esculpe los símbolos kriptonianos en su pecho ataca a Lex. Chloe y Clark investigan y descubren que un miembro de Veritas sobrevivió.
En un épico giro de eventos, Clark y Lex se enfrentan en la Fortaleza, y Lex descubre el secreto de Clark.