Clark continúa viviendo en Metrópolis bajo la influencia de la kriptonita roja. Jor-El ayuda a Jonathan a obtener poderes similares a los de su hijo, con el fin de enfrentarlo y obligarlo a regresar a Smallville. Lex es rescatado después de pasar meses en una isla desierta. Lana cansada de los secretos de Clark decide irse a Francia. Después de tener una situación que pone en peligro su vida, Pete también se va de Smallville para continuar protegiendo el secreto de su amigo. Lex y Chloe investigan sobre un crimen que Lionel cometió en el pasado.
22 episodios
Transmitida en WB
Transmitida desde: 1 de octubre de 2003
23 fotos
Tras causar una explosión, Clark siente culpa, usa un anillo rojo de kriptonita y se esconde en Metropolis. En tanto, Lex sobrevive el accidente de su jet corporativo. Chloe admite que encontró a Clark y Lana le ruega regresar.
El padre kriptoniano de Clark le concede a Jonathan superpoderes temporales para enfrentar a Clark en una batalla destructiva sobre el edificio LuthorCorp. Además, Lex regresa de una isla desierta e intenta averiguar quién arregló su accidente de avión.
Clark utiliza sus poderes para salvar a Lex, pero es capturado por sorpresa cuando el asesino descubre su debilidad y le dispara con una bala de kriptonita. Mientras tanto, Lex vuelve a trabajar para LuthorCorp, pero la hostilidad entre él y su padre continúa sin cesar.
Clark sueña que es perseguido por una niña asustada que necesita su ayuda. Sin embargo, tras descubrir que es la aparición de una vecina comatosa que debería haber despertado hace años, le pide ayuda de Lana para descubrir la verdad.
Perry White llega a Villa Chica en busca de historias extraterrestres para un programa sensacionalista. Perry cree haber visto a Clark usar su supervelocidad, así que idea un peligroso plan para exponer los superpoderes de Clark. En tanto, Lex se entera de que Perry tiene pruebas incriminatorias de los delitos de Lionel.
El tío abuelo de Lana le muestra a Lana una foto del hombre que cree que realmente mató a su tía abuela, quien luce exactamente como Clark. Convencido de que fue su padre kriptoniano, Clark encuentra un medallón que le permite ver escenas del pasado y la vida planeada para él mucho antes de que llegara a la Tierra.
Repentinamente, Lana se siente atraída por un compañero y comienza a actuar rebelde, lo que la hace ir a la cárcel. Cuando Clark intenta liberar a Lana del control paranormal, ella intenta matarlo. Además, Lex le pide a Chloe unirse en contra de su padre.
Lex encuentra a Morgan Edge, quien tuvo una reconstrucción facial, y lo hace confesar sobre sus tratos criminales con Lionel. Pero antes de poder informar de esto a las autoridades, alguien trata de matar a Lex en la mansión. Lex huye y le pide ayuda a Clark, pero cuando no encuentra nada malo, duda de si lo que Lex describió realmente sucedió.
Para escapar del Sanatorio Belle Reve y probar su cordura, Lex se involucra con tres reclusos que también buscan vengarse de los residentes de Villa Chica: Van McNulty, Eric Summers e Ian Randall. Además, Clark trata desesperadamente de ayudar a Lex, que ahora conoce su identidad secreta.
Mientras intenta detener un robo, Clark dispara una explosión de visión de calor que accidentalmente se refleja en sus ojos por un pedazo de kriptonita y le causa ceguera temporal. Pronto descubre que desarrolla una audición extremadamente sensible que compensa su pérdida de visión. Sin embargo, como sucede con sus demás dones, Clark no sabe cómo controlar su nuevo poder al principio.
Clark y Lana intentan matar a Chloe por razones desconocidas tras recibir un misterioso correo electrónico del Instituto Summerholt.
Clark descubre que su compañero de escuela puede prever el futuro y se horroriza cuando Jordan predice que Lana morirá en un incendio en unos cuantos días.
Pete desafía a los corruptos promotores de carreras callejeras que querían que perdiera a propósito, pero matones que controlan los eventos ilegales amenazan su vida. Pete le pide a Clark que use sus poderes para detenerlos.
Clark utiliza sus poderes frente a Alicia, una nueva chica de la escuela, pero se sorprende al descubrir que ella también tiene poderes. Además, Lana le pide a Lex que investigue a Adam.
Mientras su padre espera una cirugía, Clark se acerca a Garrett, cuyo hermano Vincemuere de insuficiencia hepática.Desesperado por mantener a su hermano con vida, Garrett se adhiere una bomba de roca de meteorito y exige que Vince reciba el hígado de Jonathan.
Clark recibe una llamada de pánico de Lana y escucha un disparo antes de perder contacto, pero cuando la encuentra, ella está sana y salva. Clark descubre que ese evento aún no sucede, y que Adam le disparará a Lana al día siguiente.
Jonathan actúa extraño y Clark cree que su padre kriptoniano le está enviando mensajes. Clark va a las cuevas para enfrentar a su padre biológico, pero Lionel lo encuentra.
Cuando Chloe accidentalmente inhala un misterioso gas, descubre que le da la habilidad de obtener la verdad de cualquiera que entre en contacto con ella, así que va a visitar a los Kent para averiguar el secreto de Clark.
Sabiendo que Lex también recordaría el secreto de sus poderes, Clark trata de detenerlo, pero Lionel y Garner capturan a Clark, y lo exponen al mismo tratamiento, esperando revelar su misterio.
Clark descubre que, según la leyenda kawatche, el cuchillo puede matar al mayor enemigo de Naman y decide recuperarlo antes de que Jeremiah mate a Lionel para cumplir la profecía.
Clark decide contarle a Lana su secreto para que por fin puedan estar juntos. Mientras tanto, un agente deshonesto del FBI secuestra y tortura a Pete para obligarlo a revelar el secreto de Clark.
Kara trata seducir a Clark para cumplir su destino. Clark les pide consejos a sus padres, pero Kara obliga a Jonathan a revelar el trato que hizo con Jor-El. Además, un descubrimiento redefine la relación de Clark con Lex, y la relación de Clark con Lana alcanza una nueva etapa.