La historia se sitúa en un Japón alternativo que ahora está en el período Edo y ha sido invadido por extraterrestres llamados Amanto. Estos seres traen a todo el planeta increíbles avances tecnológicos y poderosos conocimientos, sólo que al haber conquistado el mundo prohiben el uso de todo tipo de armas, ya que quieren evitar levantamientos. Los humanos se encuentran sometidos a estos seres y en Japón, los samuráis parecieran estar casi extintos, pues al no poder usar ni espadas ya que esto se consideraría un delito, los pocos que quedan se encuentran escondidos excepto por Gintoki Sakata. Gintoki se niega a renunciar a su espada así que se dedica a hacer todo tipo de trabajos para obtener una buena paga y poder sobrevivir. Aunque sólo muy pocos pueden pagarle bien por ser un samurái, pronto formará un equipo con el que vivirá toda clase de aventuras. Sakata rescata a un joven y a su hermana que se encuentran en peligro, ya que un grupo de alienígenas buscaban meter a la chica a un burdel, así que cuando el joven Shinpachi Shimura ve el enorme poder que posee Sakata decide unírsele a él y volverse su aprendiz por lo que ambos emprenden toda clase de travesías hasta que conocen a Kagura, una joven extraterrestre que también decide ser su compañera y juntos se hacen llamar 'Yorozuya'. Los tres hacen toda clase de trabajos, conocen nuevas personas y esperan poder vivir en un mundo más justo y equilibrado.
