Esta segunda temporada continúa ocho horas después de la fuga de la prisión estatal Fox River, enfocada principalmente en los fugitivos. Perseguidos de cerca por las autoridades americanas, los prisioneros visitarán diferentes ubicaciones de los Estados Unidos para cumplir sus metas personales, aunque esto los ponga un peligro innecesario. Mientras tanto, “La compañía” continúa desplegando sus fuerzas para localizar y eliminar a Lincoln Burrows, y pasará sobre todos aquellos que se interpongan en su camino.
22 episodios
Transmitida en FOX
Transmitida desde: 21 de agosto de 2006
23 fotos
Ocho horas después del escape, Lincoln y el resto del equipo se trasladan a Oswego mientras el agente del FBI, Alexander Mahone, es asignado para encontrarlos.
Mahone utiliza a LJ de carnada para atraer a Michael y Lincoln, mientras ellos idean un plan para liberarlo. Bellick es despedido y Pope decide no renunciar para limpiar su nombre.
Michael y Lincoln le piden ayuda a Mika. Después de sufrir una dosis de morfina, Sara es arrestada y acusada de participar en el plan de escape.
Mika traiciona la confianza de Michael. Kellerman se acerca a Sara utilizando una identidad falsa. Abruzzi es asesinado.
Mahone va tras la pista del dinero de D.B Cooper, mientras que Michael y Lincoln se dirigen a Utah para recuperarlo. Sucre intenta detener la boda de Maricruz.
Michael, Lincoln, T-Bag y Tweener van en busca del dinero pero T-Bag se come el mapa para obligar a los hermanos a llevarlo con ellos. El gobernador Tancredi comienza a tener sospechas de Kellerman.
Lincoln abandon a Michael para dirigirse a una trampa. Sara y su padre son investigados por La Compañía.
Los convictos vuelven a tomar caminos separados. Mahone es investigado por el asesinato de Tweener.
Sara logra descifrar el mensaje oculto de Michael en los patos de origami, pero no es la única que lo hizo.
Michael y Sara logran reunirse en Nuevo México pero son perseguidos por Mahone. Bellick y Geary vuelven a la búsqueda de los fugitivos.
Michael trata de conseguir un avión, mientras Lincoln abandona a LJ. Sara es torturada por Kellerman.
Michael se reúne con su padre. Sara logra escapar de Kellerman. Bellick es acusado del asesinato de Geary.
Bellick es encontrado culpable y enviado a Fox River, mientras que Michael y Lincoln son capturados por los agentes de la frontera.
C-Note debe continuar solo con su hija ahora que su mujer fue detenida por ayudarlo. Michael, Lincoln y Kellerman logran encontrar a Steadman.
Michael, Lincoln y Kellerman intentan enviar un mensaje a Sara y a la opinión pública. Bellick es trasladado a la enfermería.
Sara intenta deshacerse de Kellerman. T-Bag mantiene a los Hollanders como rehenes. Mahone le pide ayuda a Bellick.
Michael y Sara buscan encontrar un punto débil de La Compañía. Sucre se reúne con Maricruz.
Michael, Lincoln y Sara encuentran las pruebas de la conspiración, pero Mahone se les adelanta. C-Note es amenazado para que se suicide.
Michael utiliza una grabación para chantajear a la vicepresidenta Reynolds, mientras Lincoln busca la ayuda de un viejo amigo. Mahone logra capturar a Sara.
Sara se entrega al FBI para que Michael y Lincoln logren escapar a Panamá. C-Note testifica contra Mahone y es liberado.
Michael busca poner fin a las atrocidades de T-Bag, para lograrlo tendrá que aliarse con sus peores enemigos. Sara se presenta a su primer día de juicio y Kellerman decide su propio destino.
La declaración de Kellerman libera a Sara y a Lincoln de todos los cargos. Michael intenta salvar la vida de su hermano en manos de Mahone.