Durante la quinta temporada, Sarah reconstruyó su vida después de la muerte de Michael; volvió a casarse y vivía con su hijo Michael cerca de Nueva York. Lincoln regreso a su pasado delictivo y el resto de el equipo continúa con sus propio asuntos. Cuando una foto de mala calidad viaja desde Yemen hasta Fox River, Lincoln descubre que su hermano está vivo. El equipo utiliza todos sus recursos para ayudar a Michael a escapar de prisión y aunque se topan con nuevos enemigos, logran cumplir objetivo. Después de revelar las verdaderas razones por las que fingió su muerte, Michael y Sarah se reencuentran para intentan recuperar los años perdidos.Tras este inesperado final de temporada, Michael Thorn, presidente de FOX Entertainment, confirmó que ya estaban trabajando en la sexta temporada de la serie.
