En la última temporada, Mojo Jojo atormenta a la ciudad cuando trae de vuelta a un enemigo maligno. Luego, el profesor prepara una receta especial de X-tra para el torneo de chili y Bellota emprende una búsqueda de la paz interior. Pero nadie esperaba que el Capitán Crack McGraigen apareciera buscando un tesoro en la casa de las Chicas. Los villanos siguen siendo viles, las chicas siguen siendo poderosas y, una vez más, el día se salva gracias a Las Chicas Superpoderosas.
19 episodios
Transmitida en Cartoon Network US
Transmitida desde: 2004
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Mojo Jojo por sus crímenes tiene que hacer servicio comunitario, así que lo asignan de maestro de español.
El Profesor Utonio ve que todo lo que hace intencionalmente le sale mal, lo contrario cuando lo hace por accidente, así que el sueña que hubiera pasado si el no hubiera tenido el accidente de la Sustancia X, y sueña que crea niñas normales.
En la ciudad de Saltadilla, alguien está maquillando todas las caras, se trata de Mas-Cara, una ex-ejecutiva de una compañía de maquillajes que quebró cuando se puso de moda el estilo "natural", y busca venganza maquillando todo lo que encuentre.
El Profesor Utonio planea hacer una fiesta sorpresa a las chicas, pero cuando Burbuja escucha al profesor en su laboratorio mencionar que "no le habían salido perfectas", le dice a sus hermanas que el profesor intenta deshacerse de ellas y crear unas nuevas Chicas Superpoderosas.
El Alcalde de Saltadilla tiene pesadillas con frecuencia, así que pide al profesor Utonium que le ayude con su problema. Éste hace que las chicas entren en sus sueños y le ayuden a solucionar su pesadilla.
La Banda Gangrena empieza a robar una serie de reliquias egipcias. Las chicas acaban por sospechar (como última opción) de ellos.
Mojo Jojo se da cuenta de que los Chicos Superpoderosos están de vuelta. "Él" le dice que fue quien los hizo revivir y mejoró, por lo que es ahora su nuevo padre.
El Alcalde de Saltadilla inaugura un parque con su estatua, mientras la familia Utonio pasa un día de campo. Burbuja, por accidente, muerde su sándwich con una abeja en su interior, recibiendo una dolorosa picadura que la obliga a usar un protector para evitar irritaciones, impidiéndole hablar
Cuando las chicas encuentran un bebé abandonado, empiezan la búsqueda de su madre.
Mojo Jojo toma el papel como narrador, tras capturar y ocultar a éste, y las chicas siguen al pie de la letra todo lo que Mojo empieza a relatar.
Las chicas se encuentran disfrutando en la playa, pero de repente aparece una erupción solar y ellas deciden hacerse cargo dirigiéndose hacia el sol sin protección solar, al pensar que eso es cosa de débiles, pero, al hacer el tornado atómico absorben la mancha solar y sus pieles se queman e irritan, ahora son sensibles a todo lo que les toca.
Lou Gubre Tristón, una persona amargada que no para de llorar, comparte su dolor con toda la ciudad lanzando un rayo de tristeza, haciendo que todos sus ciudadanos, incluidas las chicas y el Profesor Utonio, lloren sin parar.
Una vista al viejo Oeste de como Mojo Jojo logra tomar la versión antigua de la ciudad de Saltadilla expulsando a su Sheriff-Herrero-Dentista (El Alcalde) y como sus ciudadanos deben recurrir al Profesor Utonio para que éste cree a las Las Chicas Supervaporosas.
Mojo Jojo inventa una forma de enredar a la chicas superpoderosas para que queden unidas entre sí, y no puedan separarse. Las chicas aprenden a trabajar en equipo para derrotar a Mojo Jojo.
El Pirata Crack McCraigen y su tripulación buscan un tesoro, pero por accidente son trasportados a la ciudad del presente por un portal temporal. Piensan que el tesoro que buscan es la Sustancia X del Profesor Utonio, y la beben obteniendo super-poderes.
El Profesor Utonio decide pasar un día de campo con las chicas para que éstas puedan relajarse y descansar sin luchar contra el crimen. Pero, inesperadamente, Peludito, acompañado de sus tres sobrinos. también deciden pasar un día de campo en el mismo lugar que la familia Utonio.
Mojo Jojo, al sufrir un accidente al terminar de construir una maqueta de la ciudad, se le ocurre una idea de hacer gigantes a las chicas.
En Nochebuena, Princesa se escabulle en el taller de Santa Claus y se indigna de ver que todos los niños (incluso Mitch Michelson) excepto ella están en la lista de niños buenos.
Es noche de Gala en casa de las chicas, así que se visten elegantes para la ocasión. Burbuja, mientras se prepara, encuentra uno de los tentáculos de su peluche. Por tanto, Burbuja trata de dar con el ladrón. Mojo Jojo usa esta situación para pedir La Sustancia X afirmando ser el Ladrón, pero el profesor Utonio dice la verdad, que fue él quien se había llevado su muñeco.