Esta segunda parte del anime Naruto, narra su regreso a La Aldea Oculta de la Hoja tras haber estado dos años y media entrenando con uno de los tres legendarios ninja: Jiraiya. Naruto se reecontrará con sus viejos amigos y se dará cuenta de que ahora son unos ninjas aún más poderosos de los que eran antes. Mientras tanto, la organización terrorista Akatsuki empieza a juntar a todos los demonios Biju, empezando por el Shukaku, que pertenece a Gaara de ‘la Aldea Oculta de la Arena’. Por otra parte, Sasuke huyó de la Aldea Oculta de la Hoja para poder matar a su hermano Itachi Uchiha en venganza por el asesinato de su clan, lo que lo lleva a hacer una alianza con Orochimaru. Pero Naruto irá tras Sasuke para hacerlo entrar en razón y que vuelva a la Aldea con él y sus amigos. Asimismo, deberá enfrentarse contra los Akatsuki, entre cuyos miembros se encuentran con Itachi Uchiha, Deidara, Pain y Tobi.
