Uryuu Kamihate es un joven que desde pequeño ha vivido en un orfanato y ahora que ya es más grande se le ha brindado la oportunidad de vivir en el Santuario Amagami con otros sacerdotes, aunque pronto descubrirá que también viven tres jovencitas en este lugar, quienes tienen una edad similar a la de él. Uryuu está agradecido de tener un nuevo sitio para vivir, pues necesita estudiar al máximo ya que él quiere convertirse en médico e ingresar a la Universidad de Kioto, lo cual no es algo sencillo. Aunque vivir en el santuario parece algo tranquilo y sencillo, pronto descubre que el sacerdote principal busca hacerlo su nuevo heredero así que éste le pide que se case con una de sus tres nietas para que juntos se hagan cargo del templo que está atravesando por una severa crisis. Uryuu no sabrá qué hacer y de a poco comienza a conocer a cada una de las jovencitas, quienes tienen personalidades diferentes y también persiguen sus propias metas. Aunque en un inicio las cosas no se desarrollan de la mejor forma, los cuatro comienzan a formar un vínculo que los unirá para salvar el santuario y planear un mejor futuro para todos.