En pleno 2015, la humanidad es amenazada una vez más por unos seres llamados 'ángeles', quienes hace 15 años arrasaron con la mitad de la población. A raíz de ese incidente fue creada NERV, una organización paramilitar en la que desarrollaron unos gigantes biomecánicos que sólo pueden ser controlados por los adolescentes para vencer a los ángeles y el hijo de NERV será el encargado de pilotar la Unidad 01.