La batalla para salvar la galaxia alcanza nuevas alturas de peligro y nuevas profundidades de oscuridad. Los valientes Caballeros Jedi y los soldados clon defienden planetas exóticos de las fuerzas enemigas. Ellos hacen la guerra bajo el agua, luchan en un mundo envuelto por la noche y se enfrentan a la despiadada Guardia de la Muerte. Los héroes son probados como nunca antes mientras Anakin es perseguido por las realidades de su pasado, Ahsoka lucha para liberar a su gente y un Obi-Wan encubierto se enfrenta a un mortal torneo de cazarrecompensas.
22 episodios
Transmitida desde: 2011
Los Jedis se encuentran ahora en el planeta Mon Calamari para ayudar a mantener la paz en una guerra civil entre los agresivos y con forma de calamar Quarren y sus pacíficos vecinos, los Mon Calamari.
Un gobierno es derrocado por una guerra civil. Rehusando aceptar al príncipe Lee-Char como el siguiente gobernante de Mon Calamari, la raza Quarren se une a los separatistas, que arrojan un ataque total contra los Mon Calamari.
Un último grito de esperanza. Tras el asesinato de su padre y la caída de su planeta bajo una guerra civil planetaria, el príncipe Lee-Char de Mon Calamari se esconde con la padawan Ahsoka Tano como su única protectora.
Como que la guerra continúa dividiendo la galaxia, los planetas se empiezan a volver peones en un juego de ajedrez peligroso.
Todo el planeta Mid Rim Aleen está devastado por grandes terremotos catastróficos. Mientras la gente lucha, el futuro de los supervivientes permanece en su habilidad de reavivar su manera de vivir a partir de las ruinas del pasado.
En una misión humanitaria pacífica al planeta Aleen, R2-D2 y C-3PO sin querer se encuentran inmersos en una aventura más allá de su comprensión.
Mientras los separatistas estrechan su dominio sobre unas rutas de suministros vitales pero aisladas, la República hace un "ataque relámpago" en una remota nebulosa fantasma para controlar el sistema estratégico de Umbara.
Mientras los separatistas controlan una ruta de suministros vital pero aislada, las fuerzas de la República invaden un planeta clave, el mundo oscuro de Umbara.
Las fuerzas de la República luchan para conquistar Umbara, un planeta hostil completamente envuelto en la oscuridad.
Mientras luchan para controlar el mundo oscuro de Umbara, el batallón de Anakin Skywalker es puesto temporalmente bajo las órdenes del general Pong Krell.
Un planeta muy pacífico. La colonia de artesanos del planeta Kiro había creado una sociedad sin armas. En lugar de la guerra, perseguían el arte y la belleza.
Durante una invasión separatista en el planeta Kiro, miles de colonos pacíficos son secuestrados por negreros zygerrianos.
Para localizar los colonos secuestrados de un mundo pacífico, los Jedis se infiltraron en el planeta esclavista de Zygerria, sólo para ser capturados por su reina ambiciosa, la que planea reconstruir su imperio de la opresión.
En un esfuerzo por finalizar el gran conflicto galáctico, se hará la primera reunión nunca celebrada entre la República y los Separatistas. Y el planeta Mandalore es escogido como territorio neutral para esta precaria reunión. Las tensiones son altas por lo que se espera de las negociaciones.
Obi-Wan finge su propia muerte y se hace pasar por otra persona (como Rako Hardeen) en una prisión de la República, con el fin de reunir información sobre un complot para secuestrar al canciller Palpatine de un convicto llamado Moralo Eval.
Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.
El conde Dooku invita a algunos de los mejores cazarrecompensas de la galaxia, incluyendo Cad Bane y aún el camuflado Obi-Wan.
El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi.
El conde Dooku está decidido a vengarse de las Hermanas de la noche de Dathomir después de su traición con Savage Opress.
Asajj Ventress se une a un equipo de cazarrecompensas bajo el liderazgo del joven Boba Fett. En un mundo extraño le pone una misión peligrosa pero rentable que pone a prueba los límites de sus habilidades y la fuerza de carácter de Asajj.
Savage Opress finalmente encuentra a su hermano perdido hace mucho tiempo, y resulta ser el ex Lord Sith llamado Darth Maul.
Impulsados por el odio puro, Darth Maul y su hermano Savage Opress se disponen a vengarse del Jedi que lo había dejado por muerto en Naboo: Obi-Wan Kenobi. Obi-Wan recibe la ayuda de un aliado poco probable, Asajj Ventress, que quiere parar a Savage de arruinar la Galaxia. En el último momento, Obi-Wan y Ventress escapan de las garras salvajes de Maul y Savage, y los dos hermanos juran venganza.