Gran parte de la temporada se dedica a maniobras diplomáticas dentro y fuera del Senado. Se utilizan las manipulaciones tras bambalinas del Consejo de Comercio y el Clan Bancario para hacer declaraciones políticas bastante precisas sobre la desregulación de los bancos y el costo de la Guerra Separatista que empobreció la educación, la infraestructura y la atención médica en el planeta Mandalore.
22 episodios
Transmitida desde: 2010
Cinco obstinados cadetes clones luchan para completar su formación en el planeta Kamino bajo el esfuerzo de ser hermanos de sangre, tanto por el compromiso por luchar por la República, y son los hermanos en armas del general W.
Cuando la República se entera de un inminente ataque de los separistas en Kamino, Anakin Skywalker y Obi-Wan Kenobi van rápidamente a la defensa del planeta, que contará con la ayuda de la maestra Jedi Shaak Ti, aunque el general Grievous y Asajj Ventress no se lo pondrán nada fácil a los Jedis.
En la segunda batalla de Ryloth, Bail Organa y Jar Jar Binks van a Toydaria, y piden ayuda al rey Kattunko para poder enviar suministros al planeta, que se muere de hambre.
La familia del presidente Papanodia es secuestrada y detenida para el rescate. Ahsoka debe formar su equipo con la senadora de Pantora, Riyo Chuchi, para ayudar al nuevo presidente en la recuperación de su familia antes de que la Federación de Comercio indebidamente pueda influir en el futuro de su planeta.
Padmé, en una misión diplomática a Mandalore, da garantías al pacifista planeta que tiene la protección integral de la República, pero ella y la duquesa Satine pronto encontrarán algo siniestro acechando bajo la serena fachada del planeta.
Ahsoka es asignada a enseñar en una clase en la academia de cadetes de Mandalore. Poco después de que ella llega, el sobrino de la duquesa Satine y sus compañeros de clase descubren un vil complot.
Ahsoka Tano tiene pesadillas premonitorias con la cazarrecompensas Aurra Sing, que está contratada por Ziro el Hutt que quiere matar a la senadora Padmé Amidala.
En un viaje de compras importantes en Coruscant, C-3PO es secuestrado por el siniestro cazarrecompensas Cad Bane en un complot malvado para liberar a Ziro el Hutt.
El consejo de Hutt está en la búsqueda de Ziro el Hutt, pero no son los únicos. Los maestros Jedi Obi-Wan Kenobi y Quinlan Vos también lo buscan.
Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatista.
Tras el atentado en Coruscant por parte de los droides de Grievous, los senadores Padmé Amidala, Bail Organa y Onaconda Farr luchan contra un nuevo proyecto de ley en el senado para comprar nuevos clones de la República.
Darth Sidious solicita a Dooku eliminar a su propia aprendiz Asajj Ventress, y entonces ella quiere vengarse de Dooku, regresando con las Hermanas de la Noche, un clan de brujas usuarias del Lado Oscuro.
Cuando el conde Dooku llama a las Hermanas de la Noche buscando un reemplazo para Ventress, ella y sus familiares aprovechan la oportunidad para vengarse.
Anakin y Obi-Wan, que han sido enviados a localizar a la misteriosa asesina detrás de la muerte de varios Jedis, pronto se encuentran en el camino el monstruoso aprendiz que Ventress ha creado: Savage Opress. Sin embargo, Dooku y Asajj también descubren que este nuevo aprendiz tiene voluntad propia.
Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y Ahsoka Tano se sienten atraídos por el misterioso planeta de Mortis. Mientras Anakin se entera de su destino de una familia de poderosos usuarios de la Fuerza.
Cuando los Jedis intentan de escapar de Mortis, Ahsoka es capturada como un señuelo para seducir a Anakin Skywalker a unirse al lado oscuro.
Anakin Skywalker debe elegir entre el lado luminoso y el oscuro de la Fuerza, y tiene una visión inquietante de su propio futuro: Darth Vader.
Con la ayuda de R2-D2 y un escuadrón de droides de batalla capturados, un equipo de élite de Jedis y soldados clon encabezados por Obi-Wan Kenobi y Anakin Skywalker van en una misión para liberar a al maestro Jedi Even Piell de una prisión separatista.
Con los presos liberados y el guardián intentando desesperadamente impedir que se los lleven, Obi-Wan y Anakin buscan una manera de salir de la ciudadela y volver a Coruscant.
Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República.
Mientras la República se enfrenta a las fuerzas separatistas en el planeta Felucia, la Padawan Ahsoka Tano es secuestrada por una raza llamada Trandoshanos.
¡La caza ha comenzado! Ahsoka Tano resguarda a un grupo de jóvenes Padawans atrapados en el planeta Iwasskah, pero recibirá la inesperada ayuda de un legendario Wookiee también capturado.