Kenshin Himura solía ser el más brillante y habilidoso samurái durante la Era Tokugawa, pues el estilo que ocupaba era sumamente letal. Este hombre se ganó toda una reputación de asesino por lo que al finalizar el Bakumatsu, llevándose así la era Tokugawa, Himura decide cambiar por completo su forma de vida, pues ahora se encuentra arrepentido de todas las vidas que se llevó. En los primeros años de la era Meiji, este hombre decide pasar por desapercibido y se dedica a recorrer diferentes partes de Japón para ayudar a otros, ahora él es un vagabundo con increíbles habilidades que pone a disposición de las personas más vulnerables. Durante sus travesías y recorridos se encuentra con una joven huérfana, Kaoru Kamiya, que es instructora de dojo y a la cual salva de ser atacada. Esta joven le ofrece un techo para vivir temporalmente, pues sabe que él es un nómada recorriendo todo tipo de sitios, Himura acepta y con esto ambos dan inicio a una etapa en sus vidas la cual estará llena de aventuras, diversos enemigos y nuevos colegas. Debido al dolor que le causa su pasado, Kenshin no piensa revelar su identidad ni mucho menos contar todo lo que hacía por lo que se siente cómodo con Kaoru, quien nunca le pide explicaciones. A este dúo pronto se unirán un niño huérfano que era obligado a robar, un luchador a sueldo y una doctora que estaba involucrada en el tráfico de drogas. Todos con un pasado e historia complicada terminarán por coincidir y formar la familia que tanto les hacía falta.
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