Hace miles de años la Tierra fue completamente destruida, pero gracias a las habilidades de un relojero misterioso, pero muy inteligente llamado 'Y', ésta pudo restaurarse por los engranajes que le colocó. A partir de lo que hizo Y, la Tierra cambió su nombre a Clockwork planet en su honor y en la actualidad pareciera todo pareciera ir en orden hasta que Naoto, un joven amante de las máquinas que vive en Kioto descubre a una autómata que fue construida por el mismo Y. Esta autómata se llama RyuZu y lleva alrededor de 206 años descompuesta, hasta el momento nadie había podido repararla más que Naoto, así que RyuZu decide llamarlo su amo de ahora en adelante. A raíz de que RyuZu es activada, ambos se encontrarán con la ingeniera y genio Marie con quien formarán un equipo para poder salvar al planeta que nuevamente se encuentra en peligro. Los tres tendrán que descubrir quién se encuentra tras los planes de destrucción y una de sus posibilidades para poder mantener el orden será encontrando a Y si es que tienen éxito.
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