Hace mil años la Tierra llegó a su destrucción total, pero gracias al ingenio de un misterioso y astuto relojero llamado 'Y', éste logró reconstruir el planeta con sus habilidades de engranaje y relojería, por lo que la Tierra cambió su nombre a 'Clockwork Planet'. Ahora ésta se encuentra construida de tal forma que las ciudades y naciones se hallan ligadas en una serie de engranajes. En la actualidad el planeta ha seguido funcionando bien y en paz, pero un día el joven Naoto Miura encuentra una autómata llamada RyuZU que llevaba 206 años rota y fue una de las creaciones del famoso 'Y', a partir de que Naoto logra repararla con su habilidad de la audición y conocimientos de máquinas, RyuZU decide seguirlo y hacerlo su amo. Después de que es activada la autómata, el joven y RyuZU serán seguidos por la ingeniera y genio Marie, con quien formarán un equipo debido a que el planeta nuevamente se encuentra en peligro y sólo ellos pueden ayudarle a encontrar una solución. Los tres deberán ver qué es lo que está pasando para que el Clockwork Planet no vuelva a destruirse y además tendrán que detener a las personas encargadas de este plan, y esto podrán hacerlo si encuentran a Y o alguna otra salida.
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