En un futuro distópico y no distante, los humanos han tenido que abandonar la Tierra, pues unos seres extraterrestres con sus máquinas han invadido el planeta por lo cual los pocos seres humanos que sobrevivieron huyeron a la Luna y desde ahí se dispusieron a armar un plan para recuperar su antiguo hogar. Estos humanos decidieron enviar androides de combate a la Tierra para así luchar contra las máquinas alienígenas. La peculiaridad de estos androides es que no pueden sentir emociones y aunque no les son asignados nombres reales, se destacan por tener un número entre su nombre. Sólo que este primer plan no sale tan bien ya que las máquinas rebasan a los androides en poder y número, pues pueden multiplicarse rápidamente así que pronto esta guerra se convierte en un caos por lo que los humanos optan por otro plan en el que crean una unidad llamada ‘YoRHa’ con otro tipo de androides. Es así como 2B llega al planeta y se dispone a enfrentarse a las máquinas, esta androide intentará sobrevivir en medio de un mundo al borde del colapso y donde el poder reside en los enemigos. Durante su travesía en la Tierra, 2B encontrará inesperadamente a aliados con los que podría haber una esperanza para la humanidad.
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