Algunos años después de los eventos de InuYasha, las hijas de cuatro años de Sesshōmaru, Towa y Setsuna huyen de un incendio en el bosque en donde viven hasta que las dos se separan por un vórtice que transporta a Towa hacia la era moderna, en donde es adoptada por la familia de Kagome Higurashi y criada por el hermano menor de esta, Sota. Towa intenta encontrar desesperadamente a su hermana menor.. Diez años más tarde el túnel que conectaba las dos épocas se abre nuevamente, permitiendo a Towa reunirse con Setsuna, quien se ha convertido ahora en una exterminadora de demonios que trabaja para Kohaku. No obstante, para sorpresa de Towa, Setsuna parece haber perdido todos los recuerdos que tenía una hermana mayor. Junto a Moroha, la hija de InuYasha y Kagome, las tres jóvenes viajarán en el tiempo a través de ambas épocas, para así recuperar su pasado perdido. Durante su travesía, las chicas descubren que son poseedoras de tres de las siete Nijishoku Shinju las cuales poseen poderes tan comparables como la Shikon no Tama por lo que Towa, Setsuna y Moroha también deben resolver el misterio en relación con las perlas.