Después de cinco años de paz tras los eventos de la primera temporada, el pasado colectivo de Joel y Ellie los alcanza, llevándolos a un conflicto entre ellos y a un mundo aún más peligroso e impredecible que el que dejaron atrás. La segunda temporada, si sigue los pasos del juego, tratará sobre la mentira y el efecto mariposa que las acciones de Joel tienen en su destino y en el de Ellie.