Shōgun está basada en la novela homónima de James Clavell de 1975. La historia y los personajes están destinados a continuar la saga en la temporada dos, retomando donde la dejó la primera entrega. La serie continuará explorando el shogunato Tokugawa, hay mucha historia japonesa posterior a 1600 a la que adaptarse. Después de obtener el título de shogun, Tokugawa consolida el poder durante los siguientes 15 años. A los 65 años, tiene una nueva tarea: entregar con éxito el shogunato a su hijo, Hidetada. También mantiene una amistad con el homólogo de John Blackthorne, William Adams. Finalmente, incluso se ve obligado a asediar el castillo de Osaka cuando el heredero de Taikō finalmente alcanza la mayoría de edad y lidera una rebelión.