Ambientada durante el siglo XVII, la historia se cuenta desde la perspectiva del héroe británico John Blackthorne, un marinero que asciende de forastero a samurái, mientras es utilizado como peón en la lucha del líder japonés Lord Toranaga, el poderoso daimyo, por alcanzar la cima de la cadena gobernante, o Shogun. La serie presenta la colisión de estos dos hombres ambiciosos de mundos diferentes y una misteriosa mujer samurái: Lady Mariko, una mujer con habilidades invaluables pero lazos familiares deshonrosos, que debe demostrar su valor y lealtad.