El Ministerio debe investigar por qué el ADN recuperado de la tumba 1099 de El Cid no coincide con una muestra tomada del yo joven del hombre en 1053, pero Julián no puede unirse a sus compañeros debido a sus recientes acciones no autorizadas.Después, el escuadrón debe viajar a 1808 para asegurar la supervivencia de un antepasado de Adolfo Suárez, expresidente y figura clave de la Transición española de una dictadura a una democracia.Mientras se esconde en Manila en 1898, Julián le promete a un soldado moribundo que llevará una joya de su madre a su amante filipina en Baler. Mientras tanto, el Ministerio de 2016 debe realizar una auditoría de sus actividades recientes.
13 episodios
Transmitida en TVE1
Transmitida desde: 15 de febrero de 2016
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El Ministerio aún se está reponiendo del impacto sufrido por la traición de Irene Larra. Lola Mendieta está en la cárcel. Julián vuelve tras un tiempo de reposo y tratamiento psicológico tras fracasar en su obsesión de salvar a su esposa Maite, fallecida años atrás.
Después de la marcha de Julián, Salvador activa los mecanismos de búsqueda para que sea detenido allá donde haya viajado por el tiempo. El impacto de la ausencia de su compañero en Amelia y Alonso es grande. Mientras tanto, un policía del 1981 llega al presente persiguiendo a un asesino que ha huido escapando por un armario.
La imprenta tiene apalabrada con Cervantes la edición Prínceps de El ingenioso hidalgo don Quijote de la Mancha pero les consta que su autor no ha presentado el original al Consejo de Castilla para pedir la licencia de impresión.
n la Navidad del año 1808, Napoleón tuvo que pasar la noche en el convento de Santa Clara de Tordesillas. En el mismo convento las tropas napoleónicas tenían apresados a tres hombres: el cura de Tordesillas y dos españoles acusados de espiar los movimientos franceses en la zona.
Durante una misión en el año 1918 para asistir al nacimiento de Carmen Amaya, Irene cae enferma por culpa de la gripe española. El doctor Morales, que la acompañaba en la misión, decide volver al Ministerio sin ella siguiendo el procedimiento habitual.
Joaquín Argamasilla es un joven que dice tener un don: ver a través de los objetos incluso con los ojos vendados. El hombre con rayos X en los ojos, le llamaban.
En el Ministerio, Salvador ha vuelto a tomar el mando. Nada más llegar, el Ministerio se ve sometido a una auditoría y todos los agentes -incluida la Patrulla- deberán realizar tareas administrativas y de supervisión de las puertas del tiempo. Mientras, Julián sigue en Cuba, en plena guerra, siendo testigo del dolor de los soldados.
Julián sigue atrapado en el sitio de Baler. Localizado por azar por el Ministerio, Salvador envía a Alonso de Enterríos a liberarle en una misión secreta de la que ni siquiera Amelia y Pacino saben nada.
Velázquez recibe una alarma en su móvil. Uno de sus cuadros acaba de ser subastado en 2016 a un precio estratosférico. Esto sería algo normal si no fuera porque es uno de los cuadros que fue destruido por el fuego en el incendio del Alcázar de Madrid en 1734.
En su día libre, Irene va a una exposición sobre el papel de la mujer en la lucha por los derechos sociales en España.
Lombardi era el presentador de un programa sobre fenómenos ocultos y paranormales que descubrió una puerta del tiempo en el Castillo de Olite y lo contó en su programa.
Dicen que una boda trae nuevas bodas, teoría a la que se apunta Irene; pero para Salvador y Julián asistir al enlace supone revivir las suyas y tiempos mejores que ya no volverán.
Tras la derrota de la Armada Invencible en costas inglesas, Felipe II, hundido por el desastre, decide romper las reglas del Ministerio y viajar al pasado para corregir los errores y que la Armada gane la batalla.