Después del final de la octava temporada, Fox Mulder se esconde. Dana Scully vuelve a ser reasignada a la Academia del FBI, y Mónica Reyes se convierte en la nueva socia del FBI de John Doggett en la oficina de Expedientes X. Doggett le pide ayuda a Scully en un caso que involucra a un funcionario de la EPA, Carl Wormus, quien murió después de que una mujer que recogió forzó a su automóvil a salir de un puente. Doggett y Walter Skinner viajan a una planta de recuperación, buscando vínculos entre el trabajo de Wormus y la muerte. Después de hacer una autopsia ilegal en Wormus, Alvin Kersh envía a Brad Follmer para localizar a Doggett. La investigación en la planta de recuperación conduce a una mujer desconocida, cuya identidad se revela más tarde como Shannon McMahon, una de las ex asociadas marinas de Doggett. Ella le revela a Doggett que ella es un "Súper Soldado". Esto los lleva a un laboratorio clandestino donde se está llevando a cabo un experimento secreto a bordo de un barco naval. Más tarde encuentran conexiones entre los experimentos en el barco y el hijo de Scully, William.
S09E01 - Nothing Important Happened Today - Part 1
Se organiza un grupo de trabajo del FBI para buscar a Fox Mulder pero Dana Scully sospecha del líder del grupo de trabajo, el Agente Especial John Doggett.
S09E02 - Nothing Important Happened Today II - Part 2
Shannon McMahon, una ex marine asociada de Doggett, le revela a que ella es un "Súper Soldado". Esto los lleva a un laboratorio clandestino donde se realizan experimentos secretos a bordo de un barco naval.
S09E03 - Dæmonicus
Con Dana Scully reasignada a la Academia de Entrenamiento Quantico, Doggett y Monica Reyes investigan juntos su primer Expediente X, una serie de asesinatos rituales satánicos.
S09E04 - 4-D
Un asesino vicioso amenaza a Doggett y Reyes y luego desaparece. Doggett recibe un disparo y Brad Follmer descubre que se utilizó el arma de Reyes.
S09E05 - Lord of the Flies
Scully, Doggett y Reyes investigan cuando un adolescente muere mientras realiza una hazaña temeraria para un programa de televisión, pero su muerte pronto se revela como causada por un inquietante secreto familiar.
S09E06 - Trust No 1
Scully tiene la esperanza de reunirse con Mulder cuando un completo desconocido ofrece nueva información sobre lo que lo llevó a esconderse.
S09E07 - John Doe
Sin conocer su identidad o su pasado, Doggett se encuentra vagando por un polvoriento pueblo mexicano. Mientras lucha por reconstruir su memoria, se ve envuelto en un complot de contrabando.
S09E08 - Hellbound
Reyes toma la iniciativa mientras investiga un caso de Expediente X que rodea a un hombre encontrado desollado vivo.
S09E09 - Provenance - Part 1
Cuando resurgen los restos de la nave espacial, el FBI oculta su investigación de los Expedientes X. Mientras tanto, Scully se ve obligada a tomar medidas drásticas cuando descubre una amenaza para William.
S09E10 - Providence - Part 2
Desconfiando tanto de Skinner como de Follmer, Scully evita la investigación del FBI sobre el secuestro de William y realiza la suya, con la ayuda de Reyes y The Lone Gunmen.
S09E11 - Audrey Pauley
Despertándose en un hospital surrealista, un compañero cree que es la Sala de Espera de la Muerte, después de ser atropellada por un automóvil.
S09E12 - Underneath
Doggett está decidido a encontrar un error en la evidencia de ADN que liberó al "asesino de destornilladores" condenado, a quien casi atrapó en el acto 13 años antes.
S09E13 - Improbable
En la carrera por atrapar a un asesino en serie, Scully y Reyes se encuentran confiando en la numerología, sus poderes de deducción y un misterioso extraño que juega cartas.
S09E14 - Scary Monsters
La agente especial Leyla Harrison lleva a Reyes y Doggett a las montañas después de que una mujer se apuñala repetidamente y su esposo viudo se niega a dejar que nadie vea a su hijo.
S09E15 - Jump the Shark
Cuando Morris Fletcher se acerca a los agentes con información relacionada con los "Súper Soldados", recurren a The Lone Gunmen.
S09E16 - William
Doggett encuentra a un hombre extraño y desfigurado en la oficina de Expedientes X y, por capricho de Scully, prueban su ADN.
S09E17 - Release
Cuando uno de los estudiantes de Scully muestra una capacidad desmesurada para perfilar asesinos en serie, sus ideas reabrieron el caso de homicidio del hijo de Doggett, Luke.
S09E18 - Sunshine Days
Doggett, Reyes, Scully y Skinner se topan con un extraño caso de homicidio donde el principal sospechoso es Oliver Martin, un hombre con una obsesión inusual con The Brady Bunch.
S09E19 - The Truth - Part 1
Después de no conocer el paradero de Mulder durante el último año, Skinner y Scully se enteran de que está detenido por el homicidio de un militar que no podría haber matado.
S09E20 - The Truth - Part 2
Mulder sale de prisión con la ayuda de Skinner, Reyes, Doggett, Scully y Alvin Kersh. Mulder y Scully viajan a Nuevo México, donde helicópteros negros destruyen la ruina de un acantilado de Anasazi.
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