Al final del final de la séptima temporada, Fox Mulder fue secuestrado por extraterrestres. Dana Scully se encuentra con el Agente Especial John Doggett, el líder de un grupo de trabajo del FBI organizado para realizar una búsqueda de Mulder. Aunque la búsqueda finalmente no tiene éxito, Doggett es asignado a los Expedientes X y trabaja con Scully para buscar explicaciones a varios casos. Cuando Scully se entera de que varias mujeres han sido secuestradas e impregnadas de bebés extraterrestres, comienza a cuestionarse su propio embarazo y teme por su hijo por nacer.
21 episodios
Transmitida en FOX
Transmitida desde: 5 de noviembre de 2000
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Se organiza un grupo de trabajo del FBI para buscar a Fox Mulder pero Dana Scully sospecha del líder del grupo de trabajo, el Agente Especial John Doggett.
En una escuela remota en el desierto de Arizona, Doggett, Scully, Gibson y Skinner, así como una gran cantidad de estudiantes y agentes, no saben en quién confiar.
Habiendo sido asignado a los Expedientes X, John Doggett se une a Scully para investigar una serie de horripilantes asesinatos que parecen ser obra de una criatura parecida a un murciélago.
Trabajando sola, Scully persigue un culto que adora a un organismo parecido a una babosa, pero en sus esfuerzos por salvar a un extraño herido, descubre que está por encima de su cabeza.
Después de haber sido secuestrado durante diez años, un niño pequeño reaparece misteriosamente pero no ha envejecido ni un poco.
Después de que su esposa es asesinada, un abogado amigo de Doggett intenta limpiar su nombre del crimen, pero los días retroceden.
Doggett y Skinner trabajan para evitar la ola asesina de un líder de culto religioso, mientras que Scully se toma un tiempo libre para lidiar con las primeras etapas de su embarazo.
El tiroteo fatal de un agente de bienes raíces sucede mientras está solo en una celda de una cárcel. Pronto descubren que hay más en este caso de lo que parece.
Doggett y Scully se encuentran con un hombre muerto que aún vive, solo que algo cambiado. Lo que descubren es un hombre hecho de metal, que se venga de los que cree que lo crearon.
Cuando un místico se espaca de la India de contrabando, Scully y Doggett lo persiguen mientras su juerga asesina comienza a aterrorizar a dos familias en los suburbios de Washington, DC.
Doggett se encuentra con un viejo caso sobre un "devorador de almas" que Mulder mantuvo en secreto de Scully, y que espera que finalmente pruebe la verdad detrás del secuestro de Mulder.
Una serie de muertes extrañas en los túneles del sistema de metro de Boston hace que Doggett se una a un equipo de profesionales bajo tierra para investigar.
Scully se involucra personalmente cuando se encuentra con varias mujeres que no tenían forma natural de concebir, pero que afirman haber sido secuestradas e impregnadas de bebés extraterrestres.
Doggett llama a otra agente, Mónica Reyes, para que lo ayude en el caso Mulder, pero los temores de Scully de encontrarlo llegan a un punto crítico.
Tres meses después del funeral de Mulder, un ex secuestrado despierta de entre los muertos y Scully confía en sus esperanzas de resucitar a su pareja.
Mulder conduce secretamente su propia investigación después de que un hombre es asesinado a tiros en el césped de la Casa Blanca tratando de informar al Presidente de una invasión alienígena planificada.
Reyes solicita la ayuda de Mulder para investigar la conexión de un asesino con el homicidio sin resolver del hijo de Doggett, pero Mulder pronto se encuentra chocando con Doggett.
Se les pide a Mulder y Doggett que investiguen varias muertes a bordo de una plataforma petrolera, pero Mulder está convencido de que la plataforma transporta un aceite negro alienígena.
Con Scully en licencia de maternidad, Doggett está emparejada con una joven agente entusiasta llamada Layla Harrison que sabe todo sobre los Expedientes X.
Mulder, Skinner y Doggett se enfrentan a las horribles consecuencias del pacto del Sindicato con los extraterrestres, como un intento híbrido de borrar toda la evidencia de las pruebas.
Mulder, Doggett y Skinner se enfrentan a los replicantes extraterrestres mientras tratan desesperadamente de exponer la conspiración dentro del FBI.