Dana Scully es reasignada para enseñar en la Academia del FBI, mientras que Fox Mulder recibe tareas de baja vigilancia. Después de investigar casos extraterrestres en el Observatorio de Arecibo en Puerto Rico, Mulder recibe un nuevo compañero, Alex Krycek, y se encuentra con un informante secreto, X. Mulder es reclutado para ayudar en una negociación de rehenes cuando Duane Barry, un secuestrado extraterrestre, captura a cuatro personas. Barry finalmente secuestra a Scully, creyendo que si la lleva a su lugar de secuestro original, Skyland Mountain, los extraterrestres la tomarán a ella en lugar de a él. Mulder lo sigue, pero Krycek lo retrasa, quien se revela que es un topo que trabaja para Cigarette Smoking Man. Cuando Mulder llega a la montaña Skyland, Scully se va. Barry, quien insiste en que los extraterrestres se lo llevaron, muere poco después de un interrogatorio de Krycek. Cuando Krycek desaparece, Skinner vuelve a abrir los archivos X, alegando que eso es lo que los conspiradores temerán más.
25 episodios
Transmitida en FOX
Transmitida desde: 16 de septiembre de 1994
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Con los archivos X cerrados, el agente del FBI Fox Mulder encuentra que su propia creencia en la verdad está disminuyendo. Entonces, cuando un viejo aliado político le da una nueva razón para creer, va solo a un sitio abandonado.
Cuando se encuentra el cuerpo descompuesto de un hombre en las alcantarillas de Newark, Mulder recibe el supuesto trabajo "encubierto".
Impulsados por mensajes de dispositivos digitales con instrucciones para matar, varios residentes de una pequeña comunidad agrícola se vuelven violentos y peligrosos.
Un casete de audio escondido en su periódico matutino lleva a Mulder a solicitar el caso de la muerte de un científico consistente con un incendio, a pesar de la falta de evidencia de llamas o quemaduras.
Un ex agente del FBI escapa de un hospital psiquiátrico y retiene a varias personas como rehenes en una agencia de viajes.
Mulder corre a la casa de Scully después de escuchar la grabación de su ataque en su contestador automático. Duane Barry ha secuestrado a Scully, decidida a ofrecerla a los alienígenas en su lugar.
Walter Skinner vuelve a abrir los archivos X, pero a Mulder le resulta difícil trabajar sin la Scully desaparecida. Cuando reconoce un asesinato en Los Ángeles como el trabajo de los asesinos de Trinity, un trío de asesinos con un fetiche por beber sangre, le da para sumergirse.
Cuando Scully vuelve a aparecer misteriosamente en estado de coma en un hospital, Mulder se concentra en encontrar a las personas responsables.
Un mal funcionamiento en un robot diseñado para la exploración volcánica arroja evidencia de una forma de vida que vive en las cuevas.
Varios adolescentes de Wisconsin se encuentran vagando por el bosque en ropa interior con "He Is One" pintando en sus espaldas.
El último caso de Mulder y Scully comienza con la violación y agresión de una enfermera en un hogar de ancianos de Massachusetts.
Un detective descubre misteriosamente los restos de un agente del FBI que desapareció en la década de 1940 mientras investigaba un caso de homicidio.
Alguien está excavando tumbas en Minneapolis, quitando partes del cuerpo de los cadáveres. Mulder y Scully son contactados porque el agente del caso cree que es obra de extraterrestres.
Los adolescentes de New Hampshire fingen un ritual oculto en un intento de "anotar" y sin darse cuenta causar el asesinato y la mutilación de uno de su grupo.
Una mañana, después de dos horribles alucinaciones, el soldado Jack McAlpin choca su auto contra un árbol que tiene un símbolo vudú dibujado en él.
Al principio, un Mulder congelado es llevado a un hospital. El episodio regresa a una escena dos semanas antes, donde la tripulación de un barco de investigación encuentra los restos de un ovni en el mar de Beaufort.
Un cazarrecompensas alienígena secuestra a Scully y quiere cambiarla por la hermana de Mulder, Samantha Mulder.
La muerte de un trabajador de la construcción federal y la destrucción de varias propiedades solo pueden estar vinculadas a un elefante escapado, sin embargo, los testigos afirman no haber visto animales que pudieran haber causado la agitación.
Mulder y Scully son llamados cuando se encuentra un barco lleno de sobrevivientes de una escolta de destructores de la Marina de los EE. UU.
Mulder y Scully deben encontrar lo paranormal entre lo anormal cuando son enviados a investigar una larga serie de asesinatos rituales que no coinciden con patrones conocidos.
Una fotografía tomada justo antes de la muerte de un niño de dos años muestra evidencia de alguna intervención sobrenatural que despierta la curiosidad de Mulder.
Después de que varios hombres en una prisión mueren por una enfermedad misteriosa, Scully trata de descubrir la causa mientras Mulder intenta encontrar a dos fugitivos que podrían propagar la enfermedad.
Una ex alumna de Scully le pide a los agentes que la ayuden con su primera investigación sobre una serie de desapariciones con muy pocas pistas.
Dudley, Arkansas, es el sitio de la última investigación para Mulder y Scully, quienes son enviados a buscar un inspector de aves de corral desaparecido.
La confianza que tienen Mulder y Scully se pone a prueba cuando Mulder comienza a actuar de manera extraña.