La tercera temporada muestras los esfuerzos de la DEA para capturar a los lideres del cártel de Cali, después de la muerte de Pablo Escobar en 1993. Con Pablo fuera de la competencia, el negocio para el cártel continua creciendo alcanzando sus mejores niveles, ampliándose a nuevos territorios en Estados Unidos y otros lugares. Todo marcha bajo control, hasta que Gilberto Rodriguez Orejuela, líder del Cártel de Cali, anuncia que en un periodo de 6 meses, el cártel dejará el negocio de la cocaína, para enfocarse en nuevos negocios legales. Esta decisión provoca diferentes tipos de opiniones en lo miembros de la organización, mientras el agente de la DEA, Javier Peña, acompañado por los agentes Chris Feistl y Daniel Van Ness, continuan buscando a los lideres del cártel. A lo largo de la temporada se conoce que el cártel ha apoyado a varios políticos con su carrera, a cambio de favores, por lo que se inicia una investigación para liberarse de estos grupos peligrosos. Al final de temporada Peña descubre que la operación se esta moviendo para México, donde el negocio se maneja de una forma diferente.
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