Esta nueva temporada inicia seis años después del Praimfaya y ahora Bellamy, Monty, Murphy, Raven, Echo y Emori regresaron al Arca, dejando a Clarke en la Tierra sufriendo los efectos de la radiación. Sin embargo, Clarke logra sobrevivir gracias a su sangre negra y logra encontrarse con Madi, una pequeña que comparte su condición y con la que logra forjar una estrecha relación. En el espacio, el grupo aún no logra descifrar la forma de regresar a la Tierra, mientras los sobrevivientes del búnker no encuentran un método para salir a la superficie. A medida que avanza la historia, ambos grupos logran sus objetivos, mientras se revela la identidad de los pasajeros de la nave que llegó a la Tierra en la temporada pasada. Wonkru finalmente obtiene su pase al Eden, pero un problema termina con las destrucción del valle, por lo que los sobrevivientes se embarcan en un viaje de regreso al espacio para buscar un nuevo hogar.
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