Esta nueva temporada inicia con el grupo separado y buscando desesperadamente volverse a reunir. Clarke logra escapar y descubre la existencia de un grupo humanos sobrevivientes habitando el planeta, pero debido a que todavía no logran desarrollar una resistencia a la radiación, tienen que permanecen en la montaña, experimentando con la sangre de los Terrestres para encontrar una cura. Mientras la historia se desarrolla, se conoce que la niebla acida es un método de protección creador por los Terrestres, ademas de que los Ripers son controlados por ellos gracias a una droga que los vuelve adictos.Por su parte, Jaha encuentra un bebé en el Arca y planea viajar a la Tierra utilizando una cápsula de escape, pero por circunstancias inesperadas termina chocando en el planeta y termina siendo rescatado por un joven llamado Zoran, que busca la Ciudad de la Luz, acompañado de sus padres.