Han pasado seis meses desde que se desencadenó la guerra entre S.H.I.E.L.D. y el grupo de rebeldes Inhumanos liderados por Jiaying. Ahora, Coulson y el equipo inician una misión de búsqueda para reclutar a las personas que han despertado nuevas habilidades debido a la corriente de neblina dispersa por las corrientes oceánicas. Skye, quien ahora es conocida como Daisy Johnson, tienen un mejor control de sus poderes, y es la encargada de crear un nuevo equipo de super humanos, conocidos como los Guerreros Secretos. Por su parte, May no ha tenido contacto con la agencia en todo este tiempo, mientras Fitz trata de descubrir información sobre el monolito que transporto a Simmons a otro planeta. A pesar de tener un difícil inicio, Fitz eventualmente logra regresar a su amiga al planeta, pero después de descubrir que ella quedó visiblemente traumatizada por el evento, termina abriendo el portal de nueva cuenta para cumplir con un favor. Hunter, obsesionado con la venganza, se compromete a terminar con HYDRA, quien ahora es liderada por Grant Ward.
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