En Encuentros cercanos del tercer tipo el desierto de Sonora, un grupo de científicos e investigadores procedentes de diversos países del mundo, investigan una serie de fenómenos y apariciones que son frecuentes en las regiones desérticas del mundo. En el área, se han encontrado componentes y aviones que formaron parte de un escuadrón aéreo durante la Segunda Guerra Mundial y que se consideraban desaparecidos en misteriosas circunstancias. Dentro del grupo de investigadores se encuentra el doctor Claude Lacombe, famoso por sus investigaciones de vida extraterrestre, quien va encontrando más evidencias que se trata de un fenómeno interplanetario y propone comunicarse con los viajeros con el método Kodály de educación musical. Cerca de la zona, un empleado de la compañía eléctrica local, Roy Neary, investiga por su parte un apagón extraño que ha afectado a gran parte de la ciudad, sólo para encontrar una fuerte fuente de luz que proviene del cielo. Tras su experiencia con seres de otro planeta, Roy empieza a obsesionarse con su existencia y una nueva forma de volverlos a contactar.
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