El director Francesco Giannini se interesó en COntagio Zero después de que el guionista Adam Kolodny se le acercara. Giannini había trabajado anteriormente con el coguionista Derrick Adams y estaba intrigado por la pregunta "¿qué pasaría si las vacunas se crearan intencionalmente con fines de control gubernamental y para el beneficio de la industria farmacéutica, no necesariamente para curar virus?"
La película marcó el debut como director de largometrajes de Giannini, quien previamente había dirigido cortometrajes y trabajado como actor y extra.
Giannini ha señalado que Shaku fue "una parte integral en la realización de Contagio Zero" y que "sin la participación de Yumiko, la película no tendría el mismo impacto".
La filmación se llevó a cabo en un hotel en funcionamiento durante doce días y utilizó principalmente efectos prácticos, ya que Giannini quería que fuera "una oda a las películas de terror más antiguas de los años 70 y 80 que ayudaron a inspirar mi amor por el cine".