Uncle Howard es una historia entrelazada del pasado y el presente. El cineasta de Nueva York Howard Brookner murió de SIDA en 1989, mientras avanzaba en su vida profesional en Hollywood e iba ganando fama en su camino. Su equipo de trabajo, cambió el mundo del cine capturando la revolución cultural de finales de los 70 y principios de los 80, para que después esas filmaciones fueran enterradas en el búnker de William S. Burroughs durante 30 años.
Sin embargo, al pasar los años, el sobrino de Howard, Aaron Brookner halla muchas cosas sobre el legado cinematográfico de su tío en un viaje personal y decide sacarlo del olvido con un documental que incluye escenas descartadas de su primera película Burroughs: The Movie (1983). Una cinta icónica que tiene material con Madonna además de material de archivo insólito en el que aparecen artistas afines a Brookner como Allen Ginsberg, John Cage, Laurie Anderson, Patti Smith, Frank Zappa o Andy Warhol.
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