Madagascar 3 es el cuarto filme de Ben Stiller (Zoolander) con DreamWorks Animation. Los otros son Madagascar, Madagascar 2: Escape a África y Megamente.
Madagascar 3: Los Fugitivos es la película más larga de la trilogía con 93 minutos de duración.
Conrad Vernon, uno de los directores de la cinta, hace la voz del mono Mason.
En la escena en la que los animales regresan al zoológico de Nueva York se puede observar la nueva construcción del World Trade Center. No obstante, al estreno de la película, dicha construcción todavía no estaba terminada en la vida real.
En junio de 2014 se anunció que habría una cuarta parte de la franquicia a estrenarse el 18 de mayo de 2018. No obstante, en 2015, la película fue retirada del calendario de Dreamworks.