Frankenweenie se sitúa en la excéntrica ciudad de New Holland, donde el pequeño chico Victor Frankenstein trata de sobrevivir la escuela, como brillante estudiante pero tímido y solitario. Sin amigos, Victor pasa su tiempo libre con su perro Sparky, a quien considera su único y verdadero amigo. Cuando un nuevo maestro de ciencias, Mr. Ryzkruski, obliga a los estudiantes a participar en la feria de ciencias, Victor es el único alumno verdaderamente emocionado por el evento, el cual le permitirá practicar y demostrar sus habilidades científicas. Sin embargo, su padre solo le dará permiso para participar si se integra en el equipo de beisbol infantil. Aburrido por el juego, la vida de Victor se enfrenta a la tragedia cuando, luego de perseguir una pelota, Sparky es atropellado por un automóvil. Incapaz de dejar ir a su mascota, Victor recuerda algunas de las lecciones de Mr. Ryzkruski, en específico aquella referente a los efectos de la electricidad, por lo que, recurriendo a su habilidad científica, Victor revive a su perro. Para no causar mayores estragos, el chico decide esconder al perro en el ático, pero un vecino, Edgar, descubre el secreto y le pide a Victor que le revele sus secretos.
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Tercera colaboración
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