Under Ninja es una cinta de acción, dirigida por Yuichi Fukuda (Érase una vez un asesinato), cuya historia se desarrolla en el Japón contemporáneo donde los ninjas, una vez considerados extintos, han reaparecido en la sociedad, donde algunos llevan vidas normales y siguen operando en secreto para realizar misiones clandestinas. Kuro Kumogakure, un ninja de bajo rango que vive una vida de holgazán, recibe una misión importante: investigar las actividades de una organización secreta que ha estado operando desde hace más de 70 años después de la guerra. Esta organización, conocida como Under Ninja, ha permanecido oculta durante décadas y está involucrada en conflictos a nivel nacional. Mientras Kuro se adentra en esta misión, se encuentra con Ayaka Noguchi, una estudiante de secundaria que se ve envuelta en la lucha y juntos, deben enfrentarse a desafíos y peligros mientras intentan desentrañar los secretos de la organización y proteger a sus seres queridos.