La Segunda Edad es el periodo en el que Sauron comienza a consolidar su poder y a llenar el vacio dejado por Morgoth, quien -como mencionábamos- es desterrado de Arda tras una encarnizada lucha por las joyas del Silmarils. En esta nueva era, los humanos y los elfos comienzan a emigrar de la Tierra Media con rumbo a occidente. Muchos elfos se establecen en las Tierras Inmortales (el mismo lugar al que son llevados Frodo (Elijah Wood) y Bilbo (Ian Holm) al final de El retorno del rey), mientras que un grupo de humanos, conocidos como los Edain, se establecen en la isla de Númenor.
Mientras tanto Sauron, desterrado pero no derrotado, manipula a los elfos para que elaboren los Anillos del Poder, que son forjados por Celebrimbor, un elfo que es Lord y maestro orfebre. Sauron también los convence de que fabriquen para él una serie de armas que le permitan recuperar el poder de la Tierra Media. Será muy tarde para cuando los elfos se den cuenta del engaño del nuevo Señor Oscuro y de sus propósitos reales.
Al mismo tiempo, los humanos de Númenor -celosos de la inmortalidad de los elfos- comienzan una guerra que finaliza con el triunfo de un rey conocido como Ar-Pharazon, a quien Sauron convence de rebelarse en contra de los Valar (unos seres que son la versión tolkeniana de los ángeles) y lanzarse a invadir las Tierras Inmortales con el pretexto de que ahí su pueblo podrá encontrar la vida eterna que tanto anhela.
Ilúvatar, el Dios supremo del universo de Tolkien, interviene y aniquila a los numeranos de una manera tan catastrófica, que la tierra -que antes era plana- se convierta en una esfera. Esto también provoca que las Tierras Inmortales queden fuera, de manera que nadie podrá alcanzarlas jamás para volverse inmortal.
El espíritu de Sauron sobrevive a la catástrofe y comienza a formar un nuevo ejército en Mordor, mientras que un grupo sobreviviente de Númenor, conocido como los Fieles, vuelven a poblar la Tierra Media liderados por el rey Elendil (un antepasado de Aragorn), quien fundará los reinos de Gondor y Arnor, y peleará una larga batalla contra Sauron.