Tras terminar la preparatoria, Freddie Prinze Jr, de inmediato ganó papeles en varios episodios de diferentes series de televisión y tuvo pequeñas apariciones en películas con bajo éxito. Su fama la obtuvo tras protagonizar la pelicula de terror Sé lo que hicieron el verano pasado (1997) y su secuela Todavía sé lo que hicieron el verano pasado (1998). Ambas cintas hicieron que Prinze se ganara al público adolescente, cariño que se afianzó aun más luego de que protagonizara la comedia romántica: Ella es así (1999), que fue un éxito en taquilla. En los años siguientes fue parte de varias comedias románticas que se han convertido en clásicos, entre los que se encuentran Boys and Girls (2000) y Down to you (2000).
Ha prestado su voz a varios videojuegos y películas animadas mientras continua su carrera actoral. En el 2002 interpretó a Fred Jones en la pelicula Scooby-Doo y en Scooby-Doo: Monstruos sueltos (2004), donde estelarizó junto a su esposa, Sarah Michelle Gellar. Incursionó como productor y escritor en su propia serie, Freddie, donde presentaba situaciones que le habían ocurrido en realidad pero la serie fue cancelada después de sólo una temporada.
Prinze ha seguido apareciendo en series de televisión como actor invitado. En estos años no cuenta con la misma fama de galán adolescente que tenía en la década de los 90, pero aún mantiene su relación con Gellar, con quien ahora tiene dos hijos.
