Hijo del primer actor Hector Bonilla, Fernando Bonilla incursionó al mundo del entretenimiento desde muy pequeño, principalmente como actor de doblaje. De primera instancia se destacó por su interpretación de Harold Berman en ¡Oye Arnold! Recientemente también participó en la serie animada Opa Popa Dupa como Condorcía. Actualmente se desempeña en el teatro, donde ha dirigido varias obras junto con su medio hermano, el también actor Sergio Bonilla. En 2020, Fernando formó parte del elenco, junto a Darío Yazbek y Regina Blandon, de la nueva miniserie de Netflix Historia de un crimen: La búsqueda, que está basada en el caso conocido como el caso Paulette, un episodio que estremeció a la sociedad mexicana por la desaparición y muerte de una pequeña niña.