Toby Edward Heslewood Jones nació el 7 de septiembre de 1966 en Hammersmith, Londres. Hijo de los actores Freddie Jones y Jennie Heslewood. Estudió arte dramático en la Universidad de Manchester y en L'École Internationale de Théâtre de París. Comenzó haciendo teatro, las oportunidades en cine y televisión llegaron poco después de terminar sus estudios.

Hizo su debut cinematográfico con un pequeño papel en Orlando (1992), después siguieron La leyenda nunca muere (1998) y Por siempre jamás (1998). Participó en Harry Potter y la cámara secreta (2002), La última primavera (2004), Descubriendo Nunca Jamás (2004), La Sra. Henderson presenta (2005) y Truman Capote (2005).

Hizo en Broadway The Play What I Wrote (2003), un año después de ganar el Laurence Olivier Theatre Award como Mejor Actor en un papel secundario por su actuación en la producción de Londres.

Varios años después obtuvo su primer protagónico en cine: Historia de un crimen (2006). Participó en Amazing Grace (2006), El velo pintado (2006), La ronda de noche (2007), La niebla (2007) y Supercañeras: El interno puede ser una fiesta (2007), City of Ember - En busca de la luz (2008), Hijo de... Bush (2008) y El desafío - Frost contra Nixon (2008), actuación por la que fue nominado al Oscar.

Para 2010 regresó a trabajar en Harry Potter y las Reliquias de la Muerte - Parte 1 (2010) para prestar de nuevo su voz al elfo Dobby. Un años después su carrera fue en ascenso con papeles en tres películas nominadas al Oscar: El topo (2011), Mi semana con Marilyn (2011) y Las aventuras de Tintín: El secreto del unicornio (2011).  

Ya como actor consagrado aceptó papeles en Luces rojas (2012), Blancanieves y la leyenda del cazador (2012), The Girl (2012), la miniserie Titanic (2012), Serena (2014) y Los juegos del hambre: En llamas (2013).

Sus proyectos más recientes incluyen Jurassic World: El reino caído, Christopher Robin: un reencuentro inolvidable y Normandie al desnudo, todos ellos en 2018.