Jacob Batalon nació el 6 de junio de 1996 en Honolulu, Hawaii, EE. UU. Es hijo de padres filipinos y aunque no habla el idioma, lo entiende bastante bien. Al graduarse de la escuela privada y católica, Damien Memorial School, asistió a Kapi'olani Community College para estudiar Teoría de la Música pero poco tiempo después de entrar a clases, se retiró.

Más adelante tomó un curso de actuación de dos años en el Conservatorio de Arte Dramático de Nueva York. Mientras estudiaba audicionó para Spider-Man: Homecoming, sin conocer el papel o incluso el título de la producción.

Fue llevado en avión a Burbank, California para audicionar con Tom Holland y gracias a su talento obtuvo el papel de Ned. Durante el proceso de grabaciones se convertió en amigo cercano de Holland. 

En julio de 2017, Batalon participó en la cinta Cada día.