Después de su segundo año en la universidad, Megan Mullally comenzó a actuar en teatro en el centro de Chicago. En el tercer año, actuaba en ocho espectáculos por semana. Más tarde abandonó Northwestern para dedicarse a la actuación. Debutó en Broadway en 1994 y, continuó una exitosa carrera teatral por la que ha sido nominada varias veces en diferentes certámenes. Hizo su debut en una serie televisiva en The Ellen Burstyn Show (1986) junto a Elaine Stritch y Ellen Burstyn. Es mejor conocida por interpretar a Karen Walker en la comedia de NBC Will & Grace (1998–2006, 2017–2020), por la que recibió ocho nominaciones al premio Primetime Emmy como Mejor Actriz de Reparto en una Serie de Comedia, ganando dos veces, en 2000 y 2006, y fue nominada en diferentes premiaciones. En 2023 tiene un papel recurrente en serie de televisión de fantasía estadounidense creada por Rick Riordan y Jonathan E. Steinberg para Disney+, Percy Jackson y los dioses del Olimpo.
