Thomas Stewart Baker nació el 20 de enero de 1934 en Liverpool, Inglaterra, Reino Unido. Baker nació en 1934 en Irlanda, en una comunidad pobre y católica. Su madre era limpiadora, camarera y una devota católica; su padre era un marinero judío que aparecía poco por casa. A los 15 años, abandonó los estudios y se hizo monje en la Hermandad Ploemel, en la isla de Jersey. Seis años más tarde, abandonó la vida contemplativa para hacer el Servicio Nacional en los Cuerpos de la Real Armada Médica. Fue ahí donde sintió por primera vez un interés por la interpretación.

Sirvió en el Queen Mary durante siete meses, y después, le salió una beca para el Rose Bruford College of Speech and Drama en Kent. Hasta finales de la década de los 60, trabajó por los conocidos teatros de repertorio de Gran Bretaña, hasta que llegó a formar parte del National Theatre. Con 37 años, Tom Baker llegó hasta la gran pantalla. Interpretó a Rasputin en Nicolas y Alexandra, consiguiendo dos nominaciones a los Globos de Oro - uno como Mejor Actor Secundario y otro por Estrella Revelación del Año.

Anteriormente, su única aparición en el cine había sido en The Winter´s Tale (1968). Su carrera está marcada por su interpretación durante nueve años del Doctor Who. Desde 1974 hasta 1981, gracias a su gran ingenio y a su bufanda de lana, el Doctor Who retó a todos los monstruos del universo y a las malignas fuerzas cibernéticas, alcanzando una gran popularidad. Durante su periodo como su estrella, la serie se distinguió por la gran audiencia alcanzada y muchas historias que se convirtieron en clásicos. Sigue siendo una de las encarnaciones más reconocibles del personaje.

Continuó ganando papeles regulares en televisión más tarde en su carrera, más notablemente en la serie Medics and Monarch of the Glen. Además de realizar papeles de actuación, Baker ha narrado comerciales, videojuegos, audiolibros y series de televisión.

En una encuesta para la revista BBC Homes and Antiques en enero de 2006, Baker fue elegido como la cuarta estrella más excéntrica del mundo. Fue derrotado por Björk, Chris Eubank y David Icke.

Se ha casado tres veces, el segundo matrimonio fue con su coprotagonista en Doctor Who, Lalla Ward. Baker tiene dos hijos de su primer matrimonio.