Cuando tenía 19 años, Walton Goggins se mudó a Los Ángeles para perseguir una carrera en la actuación. Trabajó en un servicio de valet parking para varios restaurantes y vendió botas de vaquero hasta que, en 1990, después de trabajar en algunos papeles de actuación en Georgia, tuvo su primer gran oportunidad en la película para televisión de 1990 Asesinato en Mississippi. Cuando filmaba ésta, se hizo amigo de Ray McKinnon, y ambos formaron su productora Ginny Mule Pictures, que produjo The Accountant (un cortometraje de 2001 que ganó un Premio de la Academia al Mejor Cortometraje de live action), Chrystal (Sundance Dramatic Competition en 2004) y That Evening Sun (que ganó el Premio Especial del Jurado South by Southwest 2009). Fue nominado para el Primetime Emmy al Mejor actor de reparto en una serie dramática en la serie FX Justified, en la que participó entre el 2010 y 2015. En 2019 protagonizó la serie de comedia The Unicorn, por la que fue nominado a los Critics’ Choice Movie Awards al Mejor actor en una serie de comedia aunque no logró hacerse con el galardón.
