Juan José Medina es egresado de la Escuela de Artes Plásticas de la Universidad de Guadalajara, en cuyo departamento de Televisión y Video cursó más adelante el diplomado de Artes Audiovisuales, que culminó en el Centro de Arte Audiovisual (CAAV). Como artista de la plástica participó en más de veinte exposiciones colectivas e individuales. Codirigió el corto animado El octavo día de la creación (2003) junto a Rita Basulto, con el que consiguió diversos reconocimientos dentro y fuera de México. También participó como animador en Desierto adentro (2008) de Rodrigo Pla y en Encrucijada (2004) de Rigo Mora, como director de arte. Más tarde escribió y dirigió su segundo cortometraje, Jaulas (2009) con el que ganó diversos festivales internacionales, y volvió a colaborar en la dirección con Basulto en el cortometraje de 2015 Zimbo. Actualmente desarrolla su ópera prima de largometraje, Niño carbón.